À partir de 1788, date de construction de l’hôpital de la Marine, une salle au rez-de-chaussée du pavillon de l’École de médecine navale est dédiée au cabinet d'anatomie. Les spécimens, rassemblés à des fins pédagogiques, sont alors présentés dans des armoires vitrines toujours en place de nos jours. 

Le Conseil de santé

Au milieu du 19^e siècle, alors que les collections sont exposées dans le musée, au 2^e étage du bâtiment, le Conseil de santé s’installe dans cette salle. Il y tient ses réunions autour de la table encore visible, à proximité de la salle d’enseignement, aujourd’hui désignée comme la salle des actes.

Créé en 1794 sous le nom de Comité de salubrité navale, le Conseil de santé est présent dans chaque port. Il s’intéresse à toutes les questions sanitaires, préoccupantes à Rochefort. Il préconise par exemple des mesures pour assainir les rues et assécher les marais. Il joue aussi un rôle dans la gestion des épidémies, en vérifiant les navires, leurs cargaisons et leur provenance. Par ailleurs, le Conseil de santé gère le fonctionnement de l’École de médecine navale et celui de l’hôpital de la Marine.

En plus de conserver son décor de la fin du 18^e siècle, la salle du Conseil de santé illustre l’importance de l’École de médecine navale et incarne son aura scientifique. Elle est aujourd’hui accessible lors des visites guidées d’une durée de 1h30 et les ouvrages et collections médicales et scientifiques qui y sont exposés forment un prélude à la visite des étages.