Si une ordonnance de 1642 préconise la présence d’un chirurgien à bord des navires de guerre, les chirurgiens sont alors formés au sein de la corporation des barbiers, dont ils relèvent. Ils rasent et coupent les cheveux, mais sont aussi en charge de la petite chirurgie, pratiquant par exemple les saignées ou soignant les blessures. Devant la nécessité de doter les chirurgiens embarqués d’une formation adaptée, l’École de médecine navale de Rochefort est créée en 1722. Elle est la première du genre au monde.    

Vraisemblablement dès le début du 19^e siècle, il est décidé de conserver les instruments de chirurgie, même obsolètes. Une vitrine est réalisée en 1859 pour les présenter et ils intègrent le musée de l’école. Matériel de suture, seringues, cathéters, instruments servant aux amputations, aux trépanations et aux opérations ophtalmologiques et dentaires témoignent alors des principales interventions pratiquées à bord des navires par les chirurgiens.

Aujourd’hui, l’ensemble compte plus de 600 instruments de chirurgie, dont la plupart proviennent du 19^e siècle. La collection illustre la sophistication de la pratique chirurgicale, qui s’est dotée d’outils adaptés à chaque fonction et qui a mis au point de nouveaux modes d’intervention. Beaucoup de ces instruments sont encore utilisés de nos jours : seuls les matériaux ont changé.